В соответствии с приказами Федерального агентства по недропользованию от 24.03.2008 № 256 «О порядке организации и проведения проверок деятельности территориальных органов и подведомственных организаций Федерального агентства по недропользованию» и от 24.01.2014 № 36 «Об утверждении Плана проведения комплексных проверок территориальных органов и подведомственных организаций Федерального агентства по недропользованию на 2014 год» проведены проверки:

Федерального бюджетного учреждения «Государственная комиссия по запасам полезных ископаемых»;

Государственного научного центра Российской Федерации – федерального государственного унитарного геологического предприятия «Южное научно-производственное объединение по морским геологоразведочным работам»;

Департамента по недропользованию по Центральному федеральному округу;

Федерального бюджетного учреждения «Территориальный фонд геологической информации по Сибирскому федеральному округу»;

Федерального государственного унитарного предприятия "Западно-Сибирский научно-исследовательский институт геологии и геофизики".

Также спланирована и проведена проверка по результатам проведения контрольного мероприятия Счетной палаты Российской Федерации «Проверка исполнения Федерального закона «О федеральном бюджете на 2013 год и на плановый период 2014 и 2015 годов» и бюджетной отчетности об исполнении федерального бюджета за 2013 год».

По результатам проверок даны рекомендации о проведении мероприятий в целях повышения эффективности деятельности территориальных органов и подведомственных организаций.

В соответствии с приказом Федерального агентства по недропользованию от 24.03.2008 № 256 «О порядке организации и проведения проверок деятельности территориальных органов и подведомственных организаций Федерального агентства по недропользованию» даны указания о составлении планов устранения нарушений и недостатков, выявленных в ходе проверки.